理事会：由韶关市市委、市政府牵头，联合能源所、先进院主要领导共同组成，是研究院的重要领导机构，负责研究院重大发展方向、协调解决研究院发展过程中的问题困难、审议研究院年度工作成绩，是研究院实现科学决策、民主监督的重要组织形式和制度平台；理事会设理事长1名，副理事长2名，理事4名。

秘书处：协助理事长开展理事会工作，协助院长办公室开展专家委员会的建设管理和合作交流中心的工作。

办公室：办公室下辖人事、财务、行政职能，建立及完善各项管理制度。开展人力资源管理工作（招聘、劳动关系、薪酬、培训等），规范人事管理制度；开展开办经费落实、年度财务预算、日常财务管理及财务制度建立；开展办公与实验场地装修、职场维保等日常办公事务管理及日常行政及采购等工作。

科研项目中心：主要负责研究院内外部各级各类科研项目、课题、平台、知识产权等的拓展与申报，与企业的合作，联合实验室、专业所的建设；科技技术的创新与储备，与国家实验室、高校、科研机构、企业等单位开展科研技术交流，开展专业性、前瞻性的拓展与技术储备相关工作。

产业规划中心：主要负责负责政府、企业咨询、战略规划、产业规划、标准指定、白皮书撰写等工作；研究院引进项目、合作项目、科研成果的落地孵化相关工作，包括不限于成立独资、合资运营主体，市场商业化运作，资本运作等工作，统筹开展产业运营、技术服务等工作，加速科技成果转化落地。

合作交流中心：主要负责研究院的国际国内交流合作工作，拓展国家、地区、地方等各级单位的合作与交流，为研究院汇聚、招引合作资源，通过学术研讨交流、会议活动、教育培训等各种形式推动研究院的品牌建设，提高研究院的知名度、影响力和品牌美誉度。